Modellierung und Darstellung

Berechnung der Modelle

Alle Strukturen und Abbildungen dieser Website wurden mit kostenlosen Programmen oder mit günstiger Shareware erstellt. Die Koordinaten im pdb-Format sind keine Messwerte, die Strukturen wurden mit dem Molecular-Modelling Programm ArgusLab erzeugt. Das Programm kann als Download bezogen werden und benötigt einen kostenlosen Registrierungsschlüssel, der per e-mail zugeschickt wird.

Darstellung und Animation der Modelle

Die einfachen Abbildungen auf dieser Website wurden mit dem Programm RasMol (Raswin) von Roger Sayle erzeugt. Es dient eigentlich zur Veranschaulichung von Proteinstrukturen, eignet sich aber auch zur Darstellung kleinerer Moleküle. Mit diesem Programm lassen sich 3D-Modelle von verschiedenen Seiten betrachten und im Raum bewegen. Das Programm ist klein, schnell und kann über externe Skripte gesteuert werden. So lässt es sich in Websites oder andere Anwendungen einbinden. Dieses Programm steht auf der Rasmol-Website zum Download zur Verfügung.

Ähnliche Abbildungen lassen sich mit dem DeepView / Swiss-PdbViewer machen. Auch das Programm Qmol ist zur Veranschaulichung von Molekülstrukturen geeignet.

Java-Anwendungen zur Darstellung von Modellen

Es gibt auch kostenlose Java-Applets zur räumlichen Darstellung von Molekülstrukturen. Dazu gehören das kleine Applet XYZApp.java von Sun Microsystems, das allerdings nur wenig Möglichkeiten bietet. Ebenfalls recht klein ist das Applet Chemis3D von Didier Collomb. Es hat alle notwendigen Funktionen und wird daher auf dieser Website eingesetzt. Unter dem Stichpunkt "Modelle" können die einzelnen Molekülstrukturen aufgerufen und als 3D-Darstellung im Raum bewegt werden. Um das Applet nutzen zu können, muss auf der Browserseite Java installiert sein.

Gegenüber diesen kleinen Applets ist das OpenSource Programm Jmol eine umfangreiche Anwendung. Das Programm kann bei Sourceforge heruntergeladen werden.

Darstellung der Modelle als hochaufgelöste Grafik

Alle bisher genannten Programme sind in erster Linie zum Betrachten der Modelle am Bildschirm gedacht und haben nur eingeschränkte Grafikfähigkeiten. Daher wurden die hochwertigen Bilder der Modelle mit dem freien Raytraycer POV-Ray erzeugt. Zur Umwandlung der Daten aus dem Format des Modelling-Programms in das Format des Raytraycers gibt es das Programm Molpov, sowie das Programm Mol2mol. Mit Mol2mol lassen sich die verschiedenen Datenformate vieler Modellierungs- und Darstellungprogramme ineinander umrechnen, ausserdem lassen sich die Strukturen im Raum ausrichten. Das Programm wird als Shareware vertrieben und es gibt eine Testversion.

Home

Modelle